L'innovation

Les cyanobactéries sont des micro-organismes photosynthétiques connus du grand public sous le nom d'algues bleues. Si certaines d'entre elles sont connues pour leurs effets bénéfiques pour la santé ou l'environnement (Nostoc par exemple), de nombreux autres taxons produisent des toxines pouvant générer des troubles graves chez l'Homme et l'animal. Les méthodes actuelles de dénombrement des cyanobactéries filamenteuses ou coloniales sont basées sur des mesures qualitatives (mesure de la quantité de chlorophylle a) ou quantitatives (dénombrement manuel au microscope). Les mesures basées sur la teneur en chlorophylle sont souvent impactées par les conditions environnementales, donc peu reproductibles. Les mesures quantitatives sont fastidieuses et imprécises, voire inutilisables dans le cas des cyanobactéries filamenteuses.

Pour s'affranchir de ces limitations, un nouveau logiciel utilisant le microscope confocal a été mis en œuvre. Le microscope confocal permet de réaliser une image de très faible profondeur de champ (< 1 µm) appelée "section optique". Un échantillon dont l'épaisseur est supérieure à 1 µm peut donc être représenté sur l'ensemble de sa hauteur au moyen d'une série continue de sections optiques. L'état de l'art indique que la localisation, la reconnaissance et l'extraction des éléments formant un filament ou une colonie reste très délicate. C'est pour cette raison que le logiciel "FilaCell" a été développé. Il a été testé avec succès sur la cyanobactérie filamenteuse du genre Anabaena (Nostoc), dont certaines espèce produisent des toxines.